La cofradía se funda el 5 de marzo de 1864 como Asociación del paso del Señor y la Samaritana, siendo clavario de la sociedad D.Manuel Sanchez Rojas y Cano, las imágenes se adquirieron en Valencia y se depositaron en la casa esquina de la plaza de la Merced, frente a la Calahorra. Dichas imágenes fueron talladas por el escultor de Valencia D.Francisco Pérez de Figeueroa, por 2800 reales de vellón, solamente su escultura. El primer desfile fue el 11 de marzo de 1864. Imágenes y trono desaparecieron durante la Guerra Civil. 

Una vez finalizada la contienda en el año 1940 la cofradía se reorganiza gracias al empuje y entusiasmo de un grupo de jóvenes ilicitanos que fueron subvencionados por D.Pascual Sansano, desfilando únicamente en la procesión del Viernes Santo, abriendo esta procesión con sus bocinas, banda de cornetas y tambores y con sus banderolas. Después de muchos periplos y estar a punto de desaparecer, durante unos años estuvo vinculada a la cofradía de la Negación de San Pedro, se hizo cargo de ella la Sociedad Cooperativa de Expendedores de Carne Coop. V. en el año 1967 por mediación de D.Joaquín Sanchez García.

A partir de ese año la Cofradía desfila el Domingo de Ramos por la tarde saliendo de la Parroquia de San Juan Bautista, en ese año se incorporan a la presidencia de la Cofradía cuatro mantillas que son las cameraras de las imágenes.